目標:讀取一個大的csv,8GB,16個列。對每一行驗證name列是否在某個list中,獲得對應id列的值。 坑:csv reader 巨慢 使用 with open(...) as f:for line in f:process(line) # <do something with line> 讀10000行需要20s 使用 with o
今天还是在做张阿姨的项目,还是那100多个菌,她说要blast一下抗性基因,那就比咯,最出名与权威的的细菌抗性基因库自然肯定是resfinder了。for i in $(cat list); do echo i; mkdir ${i}_re; python resfinder.py -i ${i}_new.fa -o ${i}_re -p res